Articulações internas no Partido dos Trabalhadores podem levar a incertezas sobre o nome que disputará a eleição estadual em 2018. Um movimento que partiu do interior e já chegou à capital quer lançar o ex-governador Jaques Wagner para buscar um novo mandato, ao invés de uma eventual tentativa de reeleição de Rui Costa. Alguns dos principais aliados da sigla no estado se queixam que Rui não aprendeu a negociar politicamente, o que tem desagradado até mesmo caciques de outros partidos da base aliada.
Uma das situações que incomodaram a base foi a nomeação do senador Walter Pinheiro (sem partido) para a secretaria de Educação, pouco tempo após sua saída do PT – o incômodo não chegou a ser público, porém diversos petistas reclamaram nos bastidores do movimento político do governador. Os “escorregões” de Rui na articulação política foram externados, inclusive, pelo presidente da Assembleia Legislativa da Bahia (AL-BA), Marcelo Nilo (PSL), que reclamou do tom adotado pelo chefe do Executivo baiano nas relações com parlamentares – e depois acabou voltando atrás da crítica. Se por um lado Rui aparece como bom administrador e mau negociador, Wagner tem a seu favor a boa avaliação de seus dois mandatos e o seu reconhecimento como bom articulador político – questão, inclusive, que o alçou a ministro-chefe da Casa Civil da ex-presidente Dilma Rousseff.